1933年7月，北平大学农学院教授，著名土壤学家蓝瑾先生来金华创办本校，校名为“浙江省立实验农业学校”，设农艺、园艺、畜牧三科，制定了校训、校歌、校规，办校宗旨是培养既有科学头脑、又有实干精神的中等农业技术人才。

1949年解放后，学校更名为“浙江省立农业技术学校”，设农艺、森林、畜牧兽医三科，由省教育厅领导，1952年夏移转省农业厅领导。

1952年秋，学校改名为“浙江省金华农业学校”，设农作物、动物饲养、兽医三个专业。

1958年秋，学校改名为“浙江省金华农业专科学校”。

1960年升格为金华农学院。招收农作物、畜牧兽医专业四年制专科班学生，同时增设中专蚕桑、水产专业，学校由省农业厅移转中共金华地委领导，由金华地委农工部主管。

1966年“文化大革命”，学校停止招生。

1967年12月，学校从金华塘雅迁移至金华市湖海塘畔。

1969年1月，金华地区革委会下文撤消金华农校。

1973年3月，金华农校复校于湖海塘，学校属省农业厅、金华地区革委会双重领导，招收工农兵学员。

1974年夏，招收复校后的第一届新生，设农学、畜牧兽医、茶叶、土肥专业。

1980年，国家教育部确定金华农校为全国重点中专学校。

1985年，国家农业部、省农业厅在本校实施招生分配制度改革试点，招收养殖专业不包分配中专班。

1991年8月，农业部通过教学评估，确定本校为A等三级学校。

1993年7月，浙江省人民政府批准本校为省、部级重点中专学校。学校拓宽专业设置，先后招收统配生、委培生、自费生、职高生、实行多层次上规模办学。

1994年，新增设园林、土管、财会、文秘、农畜产品加工、机电维修、工业外贸、计算机与应用、农村经济管理、食品加工等专业，专业数发展到17个，在校生达2500人。

1997年9月，金华市职工专科学校并入本校，推行两块牌子、一套班子的运行机制。

1999年，本校并入金华职业技术学院，成立农学院，首次招收畜牧兽医高职大专生。

2000年，更名为“生物工程学院”，实现了由中专教育迈向高职教育的历史性转变。

2009年7月，更名为“农业与生物工程学院”，取得了涉农专业高职教育的新突破。

2014年，学院当选新一届金华市园艺学会理事长单位。

2015年，学院谋划建设集宠物诊疗、宠物美容、宠物器件、食品和用品展销、宠物寄养于一体的实训中心，并于2017年建成金农动物医院。

2016年，学院整体从西教1教学楼搬迁至东教5教学楼办公。同年7月，学院联合省农业教育培训中心、勿忘农集团、台州科技职业学院、温州科技职业学院、嘉兴职业技术学院等6家单位发起成立了浙江省现代农业职业教育集团，这标志着浙江省构建起现代农业职业教育体系，为探索农业教育集团化的发展奠定基础。10月，学院承办了首届由省农业厅、省农办、省教育厅主办的新型职业农民农业技能大赛暨职业院校农业技能大赛，共吸引了全省11个地市、19所中职院校及8所高职院校代表队参加，此后连续6年承办此项比赛。

2017年，学院在金华市区工商城建成400平方米的宠物医院，成立金农动物保健诊疗有限公司。省现代农业职教集团成功获批省示范职教集团。

2018年，牵头成立金华市农创客发展联合会。

2019年3月，组织承办首届小动物医学金台学术研讨会、动物营养与健康国际研讨会。11月，获第十六届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛一等奖，创下了全国高职院校历史最佳成绩，填补了学校在挑战杯大赛中获奖的空白。同年，学院面向退役军人、农民工、下岗失业人员、新型职业农民等群体招生园艺技术、畜牧兽医专业社会生源学生共计493名。

2020年3月，学院由农业与生物工程学院更名为农学院。同年，学院承办了第46届世界技能大赛园艺项目浙江省选拔赛；浙江省现代农业职教集团获批国家示范职教集团；经济信息管理专业停止招生。

2021年3月，学院联合金华市委组织部、金华市委宣传部、金华日报社、金华市教育局、金华市科技局、金华市民政局、金华市财政局、金华市人力社保局、金华市资规局、金华市生态环境局、金华市农业农村局、金华市商务局、金华市文广旅游局、金华市卫健委、金华市供销社、共青团金华市委、金华市妇联、金华市科协、金华市残联、金华广播电视大学、省农信联社金华办事处、金华市农科院等成立金华市乡村振兴学院。同年，学院入围全国100所乡村振兴人才培养优质校。

2022年6月，学院与金东区澧浦镇共同成立的“浙澧有花”党建共富联盟，与武义县柳城区域发展联盟党工委共同成立的“党建共同体”。同年，学院入选浙江省乡村振兴示范性继续教育基地；成功举办 2022 年浙江省农业行业职业技能竞赛暨首届“绿领新农匠”技艺展示活动，完成金华市农创客发展联合会第二届代表大会。

2023年，学院成功举办金华职业技术学院农业教育（原金华农校）90周年纪念活动，重点打造以种养为主体的学院“一禾一牧一集团”高端实验实训基地，投入303万元完成园林赛训场、师生教学研讨场、耕读结合教学基地、快检实验室等10个项目建设，两头乌遗传育种与改良实验室被认定为金华市重点实验室。

2024年，学校经教育部批准为职业本科，学院动物医学专业为全校首批招生的6个本科专业之一。